""No asilo, o trabalho será despojado de todo valor de produção; só será imposto a título de regra moral pura; limitação da liberdade, submissão à ordem, engajamento da responsabilidade com o fim único de desalienar o espírito perdido nos excessos de uma liberdade que a coação física só limita aparentemente."
Michel Foucault
As críticas ao Hospício de Pedro II cresciam assim como o questionamento de sua função. O país encontrava-se no momento de passagem do regime imperial para o republicano e esta mudança fortalecia a visão crítica sobre os objetivos da instituição.
Logo após a instauração da República, o governo se sensibilizou com a situação do Hospício de Pedro II e o governo provisório criou o Decreto nº 142 A, de 11/01/1890, desanexando o Hospício de Pedro II da administração da Santa Casa de Misericórdia, tornando-o independente e subordinado ao Ministério da Justiça e Negócios Interiores. No mês seguinte, o Decreto de nº. 206, de 15/02/1890, determinou que fossem criadas a Assistência Médica e Legal aos Alienados, formada pelo Hospício de Pedro II, agora chamado Hospício Nacional de Alienados, e duas colônias instaladas na longínqua Ilha do Governador.
As colônias chamavam-se São Bento, localizada na Ponta do Galeão, e Conde de Mesquita no antigo Convento de São Bento, inicialmente foram construídas para abrigar homens e mulheres, mas posteriormente passaram a internar apenas pacientes do sexo masculino. Com o Decreto nº. 508, de 21/06/1890, foi aprovado um regulamento com as nomeações do Diretor Geral da citada Assistência, João Carlos Teixeira Brandão, e do Diretor das Colônias, Domingos Lopes da Silva Araújo. Estas reformas sofridas pela Assistência Médico Legal aos Alienados foram descritas por Teixeira Brandão num artigo publicado originalmente pela Imprensa Nacional.
O funcionamento das colônias teve início em 10 de fevereiro de 1890 e os primeiros pacientes começaram a chegar no dia 22 desse mesmo mês. Vinham do posto policial local e eram encaminhados para as colônias em embarcações, o meio de transporte utilizado também pelos alienistas, assim como pelos visitantes e o pessoal administrativo que trabalhava nas Colônias e levava gêneros alimentícios de variadas espécies ou víveres para as refeições dos que lá se encontravam.
Os pacientes transferidos do Hospício Nacional de Alienados para as Colônias eram indigentes. Lá, realizavam atividades agrícolas e outras consideradas importantes sob o ponto de vista terapêutico.
As Colônias tinham como finalidade tentar resolver os problemas causados pela superlotação do Hospício, além de oferecer uma forma de tratamento voltada para atividades laborais agrícolas, que caracterizavam o modelo de colônias de alienados.
Por volta de 1902, em função de diversas irregularidades existentes no Hospício Nacional de Alienados e nas Colônias, foi aberto um inquérito e formada uma comissão com os médicos Francisco Eiras, Salles Guerra e Antônio Maria Teixeira, além do farmacêutico Silva Araújo, que sugeriram vários melhoramentos. Como conseqüência do inquérito foi nomeado um novo Diretor para a Assistência Médico-Legal aos Alienados: o Dr. Juliano Moreira, professor substituto da cadeira de Clínica Psiquiátrica, da Faculdade de Medicina da Bahia. Juliano Moreira foi considerado o grande reformador do velho hospício.
Em 1902, a administração das Colônias passou a ser feita pelo Dr. Domingos Lopes e estendeu-se até 1908, quando foi exonerado e substituído interinamente pelo Dr. Simplício de Lemos Braule Pinto, que permaneceu até o ano seguinte. Em fevereiro de 1909, o médico João Augusto Rodrigues Caldas tomou posse no cargo de Diretor das Colônias de Alienados.
A superlotação no Hospício Nacional também atingiu as mulheres. Havia a necessidade de transferi-las do Hospício Nacional, localizado na Praia Vermelha, para um local mais amplo visto que o número de pacientes estava em torno de 300 e aumentava gradativamente. Pelo Decreto nº 8.834, de 11/07/1911, foi criada no bairro do Engenho de Dentro, uma colônia exclusiva para mulheres.
A Colônia de Alienadas surgiu em função de uma negociação realizada entre a Marinha e Governo Federal. A intenção da Marinha era ceder o terreno do Engenho de Dentro em troca da retirada da Colônia de Conde de Mesquita da então chamada Ponta do Galeão, ponto estratégico para a Marinha que pretendia ali instalar a sua recente Divisão Aérea, a atual Base Aérea do Galeão.
O primeiro diretor da colônia denominada Colônia de Alienadas do Engenho de Dentro foi o Dr. Simplício de Lemos Braule Pinto. Com o seu falecimento em 18/09/1918, o médico Gustavo Riedel foi indicado por seus colegas da Assistência aos Alienados e esta escolha foi respeitada pelo governo da República. O período de 1918 a 1932, gestão de Gustavo Reidel, é marcado por fatos que vão reformular o papel da Colônia que passa a receber pacientes do sexo masculino, passando dessa forma a denominar-se Colônia de Alienados.
