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A Colônia de Alienadas, hoje denominada de Instituto Municipal Nise da Silveira, surgiu como uma solução possível para o problema agudo da superlotação do hospício. Em 1911, a Colônia do Engenho de Dentro sofreu algumas modificações para receber inicialmente cerca de 200 pacientes; contudo, no ano seguinte, foram ampliados todos os serviços ali existentes e construído um pavilhão para outras 200 pacientes. Em 1918, por iniciativa de Gustavo Riedel foi criado na Colônia de Alienadas do Engenho de Dentro, o primeiro ambulatório psiquiátrico da América Latina, com o objetivo de não restringir o serviço de alienados a doentes crônicos. A proposta não era apenas acompanhar o doente, mas também promover o "aconselhamento genético" como prevenção dos distúrbios mentais. No ano seguinte, já havia 389 internas na instituição.
Para suprir uma deficiência observada na assistência aos alienados referente ao tratamento por parte dos enfermeiros, em 1890, foi fundada a Escola Profissional de Enfermeiros e Enfermeiras (EPEE), a primeira escola dessa especialidade no país. Em 1944, por meio do Decreto-Lei nº 705 passou a ser denominada de Escola de Enfermagem Alfredo Pinto.
A Colônia de São Bento, localizada na Ilha do Governador, encontrava-se em terreno pertencente à ordem dos frades beneditinos. Pressionados por estes religiosos, o Governo Federal viu-se obrigado a deixar o terreno, desativando a antiga Colônia. Com isso, os pacientes foram transferidos para o novo terreno adquirido pelo Governo, no caso a Fazenda do Engenho Novo, em Jacarepaguá.
As terras da Fazenda eram férteis, possuíam matas, rios, árvores frutíferas e tudo o mais para uma colônia agrícola dirigida aos doentes crônicos. A partir de 1921, as obras das novas construções foram iniciadas, mas somente em fins de 1923, os 15 pavilhões, a lavanderia, os refeitórios e a cozinha estavam em condições de ocupação. Também foram recuperadas a Igreja de N. S. dos Remédios, fundada em 19 de outubro de 1862, e o "casarão", um sólido edifício colonial onde foram instalados o Gabinete da Diretoria, a Administração, a Secretaria, a Portaria e as residências do administrador regulamentar e do farmacêutico.
Uma escola para curso primário foi construída e devidamente instalada na Colônia de Jacarepaguá para atender os filhos dos funcionários ali residentes. Denominada escola "Juliano Moreira", foi inaugurada em 30 de dezembro de 1932 pelo Diretor da instituição. Em 1º de março de 1933 foi o primeiro dia do ano letivo; esta escola, em seus trinta anos de existência, formou mais de 4 mil alunos no curso primário.
Com a transferência dos enfermos e do pessoal para Jacarepaguá, as Colônias "São Bento" e "Conde de Mesquita" foram extintas.
Mesmo com as mudanças ocasionadas pelo governo de Getúlio Vargas e a nova ordem política instalada após a Revolução de 30, o Dr. Sampaio Corrêa permaneceu na Direção da Colônia. Era importante manter a instituição higienizada e bem conceituada e este aspecto era sempre uma preocupação, mas o número de enfermos cresceu assustadoramente em um curto período: em 1931 havia 350 internados, em 1934, este número subiu para 750, aumentando as dificuldades e responsabilidades.
Pelo Decreto n.º 379, de 15 de Outubro de 1935, a nova instituição recebeu o nome de "Colônia Juliano Moreira"(foto), em substituição ao nome de Colônia de Psicopatas - Homens. O Hospício era, neste momento, um local que "calava" teimosos ou desagradáveis contraditores existentes devido às mudanças causadas pela Intentona Comunista e o clima de perseguição política aos direitos individuais.
Em 1938, o Dr. Adauto Botelho ao assumir a direção da Assistência aos Alienados transferiu os doentes do Hospício Nacional de Alienados para o Centro Psiquiátrico do Engenho de Dentro, antiga Colônia de Alienadas. A Urca, bairro onde se localizava o antigo hospício havia tornado-se bairro residencial, portanto, não sendo mais conveniente a localização do hospício no local.
A transferência efetivou-se em 1943 com a desativação das instalações do antigo Hospício Nacional de Alienados e sua incorporação pela Universidade do Brasil, inclusive o Pavilhão de Observação e Diagnóstico, que passou a se denominar Instituto de Psicopatologia, onde atualmente é o Instituto de Psiquiatria da UFRJ.
De 1948 a 1952, a Universidade do Brasil empregou muitos recursos nas obras de recuperação do Palácio da Praia Vermelha. Foi um grande investimento patrimonial nos moldes permitidos por seu Estatuto. Não era mais possível na época recorrer à vaidade dos novos ricos, pois a Universidade não distribuía baronatos, nem lançar mão de loterias.
